この記事は今年読んだ一番好きな論文 Advent Calendar 2015の17日の記事です。今回紹介する論文はタンパク質用の配列相同性検索に関する以下の論文です。 Buchfink, B., Xie, C., & Huson, D. H. (2015). Fast and sensitive protein alignment using DIAMON…
11/１5-11/20にスパコンのランキングが発表されることで有名なSCがあった。今年もbioinformatics関係のセッションがあり、3つ論文があったのでせっかくなので読んでみたので簡単な論文紹介と感想の記事。今回、発表のあった論文は以下の３つ。 Evangelos Geo…
GTCとは？ NVIDIAが主催しているGPUを使った技術についてのカンファレンスです。GPUといえば画像処理を思い浮かべるかもしれませんが、General-purpose computing on graphics processing units (GPGPU)と呼ばれるような画像処理だけでなくGPUを使ったものな…
Xeon Phiを使ったプログラムの実行としては以下の方法がある。 Native実行用にコンパイルされた実行ファイルをXeon PhiにSSHでログインして直接プログラムを実行 MPIを使って実行 Offloadを使用したプログラムによる実行 今回はOffloadを使用したプログラム…
研究室でXeon Phi™ コプロセッサー 5110Pを買ったので試しに使おうとしたときに見た資料等の場所についてのメモです。練習用にコードも書いて、それの解説は以下のところにあります。 http://d.hatena.ne.jp/ang65/20130404/1365052622 公式の資料 http://so…
SCなどに参加しているとプロファイラとしてTAUが高機能で良い感じだったのでずっと放置してましたが入れることにしたときのメモ。 環境 CentOS release 5.8 gcc 4.4.6 TAU 2.22.1 PDT 3.18.1 TAUのダウンロード 以下のダウンロードページからTAUとPDTをダウ…
昨年のSC12というカンファレンスに出ていたとき、たまたま覗いたチュートリアルでEclipse PTPというものを紹介していたので使い出してみた。このEclipse PTP、何ができるかというと以下の様なことができる。 ローカルとリモートのプロジェクト内のコードの同…
新年、一発目の記事なのでいまさら感満載ですが、明けましておめでとうございます。「情報系のくせにgithubアカウントももってないの？」というようなことを何人かに言われて、「実はあるんですけど一個もリポジトリ作ってないんですよね、あははは〜」と言…
Mappingのツールだと何かとお世話になるSAMtoolsをコンパイルしよとしたら意外に一発でコンパイルできなかったのでメモを残しておきます。 環境 Ubuntu 11.10 SAMtools 0.1.18 準備 Ubuntuに最初から入ってないものを幾つか使うようなのでそれのために予め以…
BLAST+の簡単な使い方のメモ 環境 BLAST+ 2.2.25 databaseの作り方 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out blast.db.fasta 相同性検索 blastp -query query.fasta -db blast.db.fasta -out output 今後の予定 BLAST無印で指定していたオプションがどれ…
EclipseのEGitでSSHを使ってリポジトリのクローンを作ろうとしたら、OpenSSHで作ったprivate keyのパスフレーズが通らなくて困ったときのメモ。 環境 OS:Ubuntu 11.10 OpenSSH 5.8 Eclipse 3.7 解決方法 どうやらEclipseのSSH2でAES暗号が使えないらしい。な…
カーネル関数でもprintf()が使えるようになったのに全然使ってこなかったので、 折角なのでためそうとCUDAプログラミングガイドのソースをそのまま持ってきてコンパイルしたら・・・ error: calling a host function from a __device__/__global__ function …
CUDAのコードの中（カーネル関数じゃないよ）でshared_ptrを使うためにmemoryをインクルードしたらエラーが出てコンパイルできなかった・・・。 環境 SUSE Linux Enterprise Server 11 SP1 nvcc 3.2 gcc 4.3.4 エラーメッセージと、とりあえずの解決法 コン…
参考にしたのはここ↓ http://yoshimov.com/?page=Git%2Fgit%A5%D7%A5%ED%A5%C8%A5%B3%A5%EB%A4%C7%A5%EA%A5%DD%A5%B8%A5%C8%A5%EA%A4%F2%B6%A6%CD%AD http://d.hatena.ne.jp/tarurut/20101213/1292228704 http://d.hatena.ne.jp/tarurut/20101213 CentOSにgi…
NCBI BLASTのプロファイルを取らないとどこが遅いのか正確に分からないので とってみることに 環境 CentOS ncbi blast 2.2.24 ソースコードの取得 ソースコードは ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ の ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.g…
参考にしたのはここ↓ http://201.163.0.23/support/forum/p/ime/thread?tid=700ab152112a7d9e&fid=700ab152112a7d9e00049a001a1a3d57&hl やり方 google 日本語入力のツール->プロパティ （左から2番目のアイコン）クリックー>プロパティを選択 画像のキー設…
先日購入したGeForce GTX 480を試そうとしたところ以下のようなエラーが出てきました。 Cuda error: Kernel execution failed in file 'testbed.cu' in line 367 : the launch timed out and was terminated. 原因としてはPrimary Deviceに指定されているGPU…
講義でSVMを使わないといけなくなったのでOctave上で使えるようにした時のメモ。環境としては以下の通り。 OS Windows7 64bit Octave 3.2.4 そして今回使用したLIBSVMは以下のところから持ってきたものを使いました。 http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/cgi…
ちょっと前ですが5月27日にSACSIS2010に行ってGPUチャレンジ2010の自由課題に応募して優勝したときの内容を発表してきました。 GPUチャレンジについては↓ GPU Challenge 2010 あとマイコミでも取り上げられていたのでそちらもどうぞ。 NVIDIA、学生参加コン…
6月9日に行われたクラウドコンピューティングコンペティションにHIBIKIというチームで出場し、優勝（IBM特別賞）を頂きました。関係者のみなさま、大変お世話になりました。 公式ページは↓ クラウドコンピューティング コンペティション ･ 主催者企画 | Inte…
5月14日にIPABセミナーで「次世代シーケンサー大量データ処理の現状」と題して発表があったので聞いてきました。 今回はその時のメモです。 Personal Genome それぞれの人が自分のゲノムを読めるようになる →疾患リスクの予測生活習慣病＝遺伝的背景＋生活習…
フリーの３Dモデリングで結構使えるBlender。しばらく使ってて気に入ったのでソースを見てみたくなったので、今回はソースの入手から、コンパイルまでのメモ。詳細はここ↓に書いてある [http://wiki.blender.org/index.php/Dev:Doc/Building_Blender:title=h…
恵比寿であったiPABの10周年のシンポジウムで、東工大の黒川先生のメタゲノムのお話を聞きに行ってきました。 いつもどおり自分なりのメモなのでわかりにくいかもしれません メタゲノム解析とは？ 群集まるごとゲノム解析細菌は群集で活動し、生きている環境…
自分なりのメモなのでかなり適当です。楽天技術研究所でやっていること 開発してるものROMAとは？ 大規模グリットRubyによるKey-Value Store RDBではトラフィックに耐えられない。 memocashなどを使うこともできるがデータの保障して使うことができるのか不…
簡単なメモです。BigTable 大量のデータを扱うためのstorage system。・フリーのものを使うのでなければコストが高い。 ・行ごとのアクセスすることによって高速にアクセス ・スケールアウトしやすいData model Row keyは任意のstring 例ではURLの逆を使って…
