NCBI BLASTのプロファイルの取り方
NCBI BLASTのプロファイルを取らないとどこが遅いのか正確に分からないので
とってみることに
ソースコードの取得
の
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.24+-src.tar.gz
を使用
プロファイルを取るようにコンパイル
まずソースを解凍してディレクトリに移動
実際にコンパイルするときにプロファイリングを取るようにするには
./configure --with-profiling
ってやって./configureを実行すれば良いっぽい
ちなみに
普通にソースからリリース用にコンパイルする場合は
- without-debug --with-mt --with-build-root=ReleaseMT
を付けるらしい
参照
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/user_manual.pdf
なにで今回は
./configure --with-profiling --without-debug --with-mt --with-build-root=ReleaseMT
でソースをコンパイルしてみる
あとはいつも通り実行してgplofでプロファイルが確認できる
